| Groupe | Nom Scientifique | Nom Vernaculaire | Nombre d'observation(s) | Dernière observation |
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| Mammiferes | Erinaceus europaeus Linnaeus, 1758 | Hérisson d'Europe | 37575 | 2019 |
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Mammiferes
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Sorex minutus Linnaeus, 1766 | Musaraigne pygmée | 3850 | 2018 |
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Mammiferes
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Sorex araneus Linnaeus, 1758 | Musaraigne carrelet | 2815 | 2018 |
| Mammiferes | Sorex coronatus Millet, 1828 | Musaraigne couronnée | 4254 | 2019 |
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Mammiferes
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Sorex alpinus Schinz, 1837 | Musaraigne alpine | 33 | 2017 |
| Mammiferes | Neomys anomalus Cabrera, 1907 | Crossope de Miller, Musaraigne de Miller | 110 | 2016 |
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Mammiferes
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Neomys fodiens (Pennant, 1771) | Crossope aquatique, Musaraigne aquatique, Musaraigne d'eau, Musaraigne porte-rame | 2737 | 2018 |
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Mammiferes
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Crocidura leucodon (Hermann, 1780) | Crocidure leucode | 955 | 2018 |
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Mammiferes
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Crocidura suaveolens (Pallas, 1811) | Crocidure des jardins | 628 | 2019 |
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Mammiferes
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Crocidura russula (Hermann, 1780) | Crocidure musette | 8155 | 2019 |
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Mammiferes
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Suncus etruscus (Savi, 1822) | Pachyure étrusque | 550 | 2019 |
| Mammiferes | Galemys pyrenaicus (É. Geoffroy Saint-Hilaire, 1811) | Desman des Pyrénées, Rat-trompette | 625 | 2018 |
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Mammiferes
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Talpa europaea Linnaeus, 1758 | Taupe d'Europe | 20064 | 2019 |
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Mammiferes
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Talpa caeca Savi, 1822 | Taupe aveugle | 9 | 2018 |
| Mammiferes | Rhinolophus ferrumequinum (Schreber, 1774) | Grand rhinolophe | 18211 | 2019 |
| Mammiferes | Rhinolophus hipposideros (Bechstein, 1800) | Petit rhinolophe | 23330 | 2019 |
| Mammiferes | Rhinolophus euryale Blasius, 1853 | Rhinolophe euryale | 3768 | 2018 |
| Mammiferes | Rhinolophus mehelyi Matschie, 1901 | Rhinolophe de Méhely | 9 | 1979 |
| Mammiferes | Barbastella barbastellus (Schreber, 1774) | Barbastelle d'Europe, Barbastelle | 15569 | 2019 |
| Mammiferes | Eptesicus serotinus (Schreber, 1774) | Sérotine commune | 16832 | 2019 |
| Mammiferes | Myotis mystacinus (Kuhl, 1817) | Murin à moustaches, Vespertilion à moustaches | 14206 | 2019 |
| Mammiferes | Myotis emarginatus (É. Geoffroy Saint-Hilaire, 1806) | Murin à oreilles échancrées, Vespertilion à oreilles échancrées | 13357 | 2019 |
| Mammiferes | Myotis nattereri (Kuhl, 1817) | Murin de Natterer, Vespertilion de Natterer | 10860 | 2019 |
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Mammiferes
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Myotis escalerai Cabrera, 1904 | Murin d'Escalera | 44 | 2017 |
| Mammiferes | Myotis myotis (Borkhausen, 1797) | Grand Murin | 10974 | 2019 |
| Mammiferes | Myotis blythii (Tomes, 1857) | Petit Murin | 2287 | 2018 |
| Mammiferes | Myotis capaccinii (Bonaparte, 1837) | Murin de Capaccini, Vespertilion de Capaccini | 10995 | 2018 |
| Mammiferes | Myotis dasycneme (Boie, 1825) | Murin des marais, Vespertilion des marais | 57 | 2016 |
| Mammiferes | Nyctalus lasiopterus (Schreber, 1780) | Grande Noctule | 7925 | 2018 |
| Mammiferes | Nyctalus leisleri leisleri (Kuhl, 1817) | Noctule de Leisler | 214 | 2018 |
| Mammiferes | Nyctalus noctula (Schreber, 1774) | Noctule commune | 9121 | 2019 |
| Mammiferes | Pipistrellus pipistrellus (Schreber, 1774) | Pipistrelle commune | 130876 | 2019 |
| Mammiferes | Pipistrellus pygmaeus (Leach, 1825) | Pipistrelle pygmée | 5117 | 2019 |
| Mammiferes | Pipistrellus nathusii (Keyserling & Blasius, 1839) | Pipistrelle de Nathusius | 4225 | 2018 |
| Mammiferes | Hypsugo savii (Bonaparte, 1837) | Vespère de Savi | 12234 | 2018 |
| Mammiferes | Plecotus auritus (Linnaeus, 1758) | Oreillard roux, Oreillard septentrional | 6707 | 2019 |
| Mammiferes | Plecotus austriacus (J.B. Fischer, 1829) | Oreillard gris, Oreillard méridional | 3601 | 2018 |
| Mammiferes | Vespertilio murinus Linnaeus, 1758 | Vespertilion bicolore, Sérotine bicolore | 157 | 2018 |
| Mammiferes | Tadarida teniotis (Rafinesque, 1814) | Molosse de Cestoni | 4260 | 2019 |
| Mammiferes | Lutra lutra (Linnaeus, 1758) | Loutre d'Europe, Loutre commune, Loutre | 6434 | 2016 |
| Mammiferes | Sciurus vulgaris Linnaeus, 1758 | Écureuil roux | 64367 | 2019 |
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Mammiferes
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Callosciurus erythraeus (Pallas, 1779) | Écureuil à ventre rouge | 50 | 2018 |
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Mammiferes
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Tamias sibiricus (Laxmann, 1769) | Tamia de Sibérie, Écureuil de Corée, Rat de Corée, Écureuil japonais | 430 | 2018 |
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Mammiferes
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Arvicola sapidus Miller, 1908 | Campagnol amphibie, Rat d'eau | 4084 | 2019 |
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Mammiferes
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Arvicola terrestris amphibius (Linnaeus, 1758) | - | 103 | 2017 |
| Mammiferes | Chionomys nivalis (Martins, 1842) | Campagnol des neiges | 721 | 2018 |
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Mammiferes
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Clethrionomys glareolus (Schreber, 1780) | Campagnol roussâtre | 7843 | 2019 |
| Mammiferes | Microtus agrestis (Linnaeus, 1760) | Campagnol agreste | 7172 | 2019 |
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Mammiferes
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Microtus arvalis (Pallas, 1778) | Campagnol des champs | 9105 | 2019 |
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Mammiferes
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Microtus duodecimcostatus (de Sélys-Longchamps, 1839) | Campagnol provençal | 687 | 2018 |
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Mammiferes
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Microtus pyrenaicus (de Sélys-Longchamps, 1847) | Campagnol des Pyrénées | 21 | 2018 |
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Mammiferes
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Microtus lusitanicus (Gerbe, 1879) | Campagnol basque | 76 | 2018 |
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Mammiferes
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Microtus multiplex (Fatio, 1905) | Campagnol de Fatio | 337 | 2018 |
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Mammiferes
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Microtus subterraneus (de Sélys-Longchamps, 1836) | Campagnol souterrain | 2355 | 2018 |
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Mammiferes
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Microtus savii (de Sélys-Longchamps, 1838) | Campagnol de Savi | 2 | 2017 |
| Mammiferes | Ondatra zibethicus (Linnaeus, 1766) | Rat musqué | 9007 | 2019 |
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Mammiferes
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Cricetus cricetus (Linnaeus, 1758) | Grand hamster, Hamster commun | 184 | 2018 |
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Mammiferes
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Apodemus alpicola Heinrich, 1952 | Mulot alpestre | 252 | 2017 |
| Mammiferes | Apodemus flavicollis (Melchior, 1834) | Mulot à collier | 1924 | 2018 |
| Mammiferes | Apodemus sylvaticus (Linnaeus, 1758) | Mulot sylvestre | 11488 | 2019 |
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Mammiferes
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Micromys minutus (Pallas, 1771) | Rat des moissons | 3569 | 2019 |
| Mammiferes | Mus musculus Linnaeus, 1758 | Souris grise, Souris domestique | 4400 | 2019 |
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Mammiferes
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Mus spretus Lataste, 1883 | Souris d'Afrique du Nord | 379 | 2018 |
| Mammiferes | Rattus norvegicus (Berkenhout, 1769) | - | 6633 | 2019 |
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Mammiferes
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Rattus rattus (Linnaeus, 1758) | Rat noir, Rat commun | 1554 | 2019 |
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Mammiferes
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Eliomys quercinus (Linnaeus, 1766) | Lérot | 4493 | 2019 |
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Mammiferes
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Muscardinus avellanarius (Linnaeus, 1758) | Muscardin | 2374 | 2019 |
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Mammiferes
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Glis glis (Linnaeus, 1766) | Loir gris, Loir | 2881 | 2019 |
| Mammiferes | Myotis punicus Felten, Spitzenberger & Storch, 1977 | Murin du Maghreb | 355 | 2016 |
| Mammiferes | Myotis alcathoe Helversen & Heller, 2001 | Murin d'Alcathoe | 1244 | 2018 |
| Mammiferes | Myotis brandtii (Eversmann, 1845) | Murin de Brandt | 1716 | 2018 |
| Mammiferes | Myotis bechsteinii (Kuhl, 1817) | Murin de Bechstein | 9251 | 2019 |
| Mammiferes | Eptesicus nilssonii (Keyserling & Blasius, 1839) | Sérotine de Nilsson | 174 | 2018 |
| Mammiferes | Pipistrellus kuhlii (Kuhl, 1817) | Pipistrelle de Kuhl | 15510 | 2019 |
| Mammiferes | Miniopterus schreibersii (Kuhl, 1817) | Minioptère de Schreibers | 7501 | 2018 |
| Mammiferes | Plecotus macrobullaris Kuzjakin, 1965 | Oreillard montagnard | 412 | 2018 |
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Mammiferes
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Arvicola terrestris monticola de Sélys-Longchamps, 1838 | - | 5 | 1963 |
| Mammiferes | Myotis daubentonii (Kuhl, 1817) | Murin de Daubenton | 13664 | 2019 |
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Mammiferes
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Sorex antinorii Bonaparte, 1840 | Musaraigne du Valais | 54 | 2017 |
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Mammiferes
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Talpa aquitania Nicolas, Martinez-Vargas & Hugot, 2017 | Taupe d'Aquitaine | 176 | 2018 |
